Hermano gemelo de Johann Ambrosius Bach, el padre de Johann Sebastian Bach. Su padre era el músico de ciudad Christoph Bach.

Johann Christoph consiguió en 1671 un cargo como músico de la corte (violinista) del conde de Schwarzbourg-Arnstadt y de las iglesias de Arnstadt. A causa de unas disputas con el Stadmusikus Gräder que se sellaron a disgusto después de una decisión arbitral, este fue cancelado el 7 de enero de 1681 junto a todos los músicos "debido a ... sus argumentos". Como a raíz de la muerte del Señor de la ciudad ocurrida poco después toda la música pública fue prohibida, Johann Christoph cayó en la extrema pobreza. Pero consiguió nuevamente un puesto en la corte a principios de 1682 con el nuevo soberano, el que conservó hasta su muerte. Se le atribuye el aria fúnebre “Nun ist alles überwunden”.

Sus hijos fueron Johann Ernst Bach (1683-1739) y Johann Christoph Bach (1689-1740), ambos destacados organistas.